국정원 측은 연일 윤석열 검사가 주도한 국정원 댓글 및 트위트 사건에 대하여 검찰 주장과 언론보도를 조목조목 반박하고 있다. 민주당, 검찰, 언론보도보다는 국정원의 설명이 훨씬 신빙성이 있어 보인다. 상식과 경험에 기초한 구체적 주장이기 때문이다.

국정원은 <(국정원 직원이 쓴 트위트 내용을) 보면 북한의 국가안전 보장 위해 및 체제전복 기도에 대응하기 위한 對共, 방첩활동의 일환으로 이뤄진 글임을 알 수 있다>면서 <선거개입이라고 주장하는 글 또한 대부분 다른 사람이 올린 글이나 신문기사 등을 개인적으로 단순히 리트윗한 것에 불과하다>고 했다.

현재 국정원 직원 여부가 확인되지 않았으나, 야당에서 ‘대표적 국정원 계정’으로 의심하고 있는 taesan4, nudlenudle 계정의 트윗에도 정치관여성 트윗보다는 북한 비판 트윗이 압도적인 비중을 차지하고 있다는 것이다.

국정원은 북한 및 종북세력의 SNS 선동 실상을 설명하면서 대응이 불가피하다고 했다.

'북한은 SNS 매체가 실시간 전파력이 탁월한 새로운 매체로 부상하자 2010년 8월 우리민족끼리 계정개설을 필두로 트위터 선동을 강화했다. 이후 북한은 2012년 총ㆍ대선을 앞둔 2011년 11월 국내 SNS 공간에 우리민족끼리 기사를 바로 배포할 수 있는 시스템을 구축했고, 현재까지 300여개의 북 체제선전 계정을 개설하여 운영중이다. 야당 지지자, 진보세력으로 위장한 트위터 계정도 개설, 종북세력과 연계하여 국내 주요현안에 개입하고 南南갈등을 조장하고 있다. 종북세력들도 북한 계정과 상호 친구관계를 맺고 리트윗하거나 反정부 선동 트윗을 유포하는 등 이적행위를 자행하고 있다. 그러나 특정 트윗계정에 대한 국내 접속차단 기술이 개발되지 않아 북한의 선동문건이나 利敵표현물이 트윗상에 범람하고 있는 상황이다.'

국정원은 또 <국정원 지휘부의 SNS 선거개입 지시와 조직적 활동 정황이 없다>고 주장한다. 元世勳 당시 원장은 취임 이후 全부서장회의나 신년사 등을 통해 아홉 차례에 걸쳐 정치중립 確行 및 본연의 업무수행을 강조해왔고, 직원교육도 해왔다. 트위터 대응활동과 관련해서는 2011년 11월 18일 부서장 회의에서 선거정국을 틈타 종북세력이 활동한다며 트위터 대응강화를 지시한 적은 있으나 정치나 선거개입을 지시한 적은 없다는 것이다. 원 前원장은 대선을 앞두고 오해소지가 없도록 지시했다고 진술했고, 검찰도 원 前원장이 대선 개입 지시를 했다는 명확한 증거를 내놓지 못하고 있다고 국정원은 반박한다.

국정원은 민주당이 선동했다고 본다.
<이런 상황에서 민주당은 개인적으로 작성하거나 별다른 생각없이 리트윗한 것으로 추정되는 일부 선거 관련 글들을 집중 부각시키며, 지시에 의한 조직적인 트윗활동이라고 침소봉대하고 있다>는 것이다. 원 前원장의 지시와 트윗글과의 직접적 연관성을 못찾은 상태에서 선거관련 트윗글을 모두 국정원의 조직적 활동이라고 결론내는 것은 위험한 논리적 비약이며 음모론이라고 했다. 개인적인 선거관련 트윗글은 국정원뿐 아니라 다른 기관 공무원들도 개인자격으로 얼마든지 쓸 수 있는 것이며 누구든지 무심코 선거관련 글을 리트윗할 수 있는 것이란 주장이다. 이 같은 사례를 모두 조사해보면 엄청나게 많은 선거관련 트윗글들이 적발될 것이 분명하다고도 했다.

2013년 8월 법원은 북한 對南기구인 ‘우리민족끼리의 글(“우리 군대와 인민은 경애하는 김정일 장군님의 위대한 선군정치가 있고 무적의 백두산 혁명 강군이 있으며 장군님의 두리에 일심단결된 인민이 있는 한 우리 공화국은 필승불패이라는 신념을 더욱 굳게 간직하고 민족의 통일념원을 짓밟고 북남관계를 끝끝내 대결에로 몰아간 매국역적, 전쟁광신자들의 무모한 반공화국 전쟁소동을 짓부셔버림으로써 조국통일의 력사적 위업을 기어이 성취하고야 말 것이다” 등 200여건)을 트위터상에서 리트윗하거나 멘션한 혐의(국가보안법 위반)로 기소된 박00(26)에 대해 ‘이적 목적성’이 없다는 이유로 무죄를 선고했다. 국정원은 이번 사건에서 국정원 직원을 처벌하는 것은 트위터를 이용하여 利敵표현물을 전파한 종북세력은 무죄이고, 이를 막으려고 트위터 상의 사이버 심리전을 전개한 직원은 유죄라는 극히 부당한 결과를 초래하는 것이라고 지적하였다.