박원순은 역사문제연구소의 初代이사장을 지냈다. 역사문제연구소 출신의 역사학자들은 이명박 정부 들어 새로 발간된 左편향 고교 한국사 교과서 집필에 대거 참여했다.
역사문제연구소(1986년 설립)는 정관에서 “민족사학을 지향하는 역사학의 연구 활동 및 교육지원을 통하여 민족문화 발전에 기여함을 목적으로 한다”고 밝히고 있다. 그러나 연구소의 활동을 보면 《민족해방운동사-쟁점과 과제》, 《민중과 유토피아》, 《카프문학운동 연구》 등 사회주의 운동 중심의 역사 단행본을 비롯, ‘한국전쟁은 민중에게 무엇이었나’(2000년), ‘1920년대 사회주의와 청년담론’(2004), ‘박헌영 전집 출판기념 심포지엄’(2004) 등 사회주의적 시각으로 역사를 재조명하는 학술 및 대중 활동을 병행하고 있다.
現 역사문제연구소 이사장인 서중석 성균관대 교수는 李承晩(이승만) 대통령의 대한민국 建國(건국)에 부정적인 견해를 피력해온 학자로 2008년 8월24일자 경향신문과의 인터뷰에서 다음과 같이 말했다.
“대한민국 ‘건국’이라는 표현은 맞지 않습니다. ‘정부수립’이 더 정확한 말이지요. 그리고 이승만을 ‘건국의 아버지’라 부르는 것도 좀 창피한 일 아닌가요?”
역사문제연구소에는 강만길(고문), 임헌영(운영위원), 강정구(연구위원) 등의 좌파인사들이 활동 중이다. 이들 가운데 강만길(고려대 명예교수)은 학계에서 줄곧 국가보안법 폐지, 주한미군철수, 한총련 합법화를 주장해온 인물이다. 임헌영(본명 임준열, 민족문제연구소 소장)은 1979년 남조선민족해방전선(남민전) 사건 등 수 차례 공안사건에 연루됐던 인물이다.
남민전 사건은 1960년대 인혁당·통혁당 사건 관련자들이 출감 후 노동자, 농민, 청년학생 등 각계각층을 규합, 북한과의 연계 속에 결성된 지하공산혁명조직이다. 관련자만 84명(불구속자 포함)이 넘었다. 남민전은 安龍雄(안용웅)등이 越北(월북), 김일성에게 사업보고서를 제출하는 등 북한으로부터 구체적 통제를 받았으며, 남한 내에서 북한이 요구하는 사회주의 혁명이 성공할 경우 게양할 붉은 별이 그려진 대형 ‘戰線旗’(전선기)를 제작하기도 했다.
강정구(前 동국대 교수)는 줄곧 ‘6·25 남침 유도설’을 주장해온 인물이다. 그는 2010년 6월1일 모교에서 가진 고별강의에서 “천안함 事件化(사건화)는 한국과 미국, 일본의 수구세력이 역사의 흐름을 역행시키려고 주도한 발악”이라며 “단순한 사건이 아니라 사건으로 만든 것이기에 ‘사건화’라고 주장하기도 했다.
국가정상화추진위원회(위원장 고영주)가 2010년 발표한 ‘親北(친북)-反국가 행위자 100인’ 명단에는 역사문제연구소에서 활동 중인 학자들이 대거 포함되어 있다. 명단에는 학계(전-현직)관계자가 17명이 선정 됐는데, 이 가운데 1/3에 해당하는 6명이 역사문제연구소의 이사장, 운영위원, 자문위원, 연구위원이다. 해당 명단은 △리영희(2010년 사망, 前 한양대 교수) △강정구(前 동국대 교수) △서중석(성균관대 교수) △한홍구-정해구(성공회대 교수) △손호철(서강대 교수)이다.