국정원 측은 민주당과 언론이 국정원 트윗글과 관련하여 조작, 왜곡, 과장하고 있다고 정면으로 반박하고 있다.

국정원 측은, <“국정원 트윗글 5만5000여건” 등 보도는 명백한 왜곡>이라고 지적한다. 검찰이 확인한 트윗ㆍ리트윗글 수는 2,233건이며, 이 중 국정원 직원이 직접 작성한 트윗글은 139건(6%)에 불과하고, 다른 사람이 쓴 글을 리트윗한 글이 2,094건(94%)
이란 것이다.

민주당ㆍ언론 등에서 국정원 직원이 게시했다고 주장하는 주요사례 41건 중 30건은 국정원 직원이 게시한 것이 아닌 것으로 확인되었고, 국정원 직원이 올린 글은 직접 쓴 게 아니라 다른 사람이 쓴 글을 리트윗한 3건뿐이며, 나머지 8건은 확인이 되지 않고 있다고 한다.

특히 민주당 및 일부 언론에서, 국정원 직원이 쓴 노골적인 정치개입 글이라고 주장하고 있는 “박근혜 후보 후원계좌 안내, 대선승리로 가는 큰 힘이 됩니다”, “박근혜의 친근한 미소, 문재인의 놀란 토끼눈, 안철수의 느끼한 능구렁이 얼굴”, “문재인 대북관은 간첩 수준이었다”, “문재인 부친은 인민군 장교 출신?” 등 글은 국정원 직원글이 아닌 것으로 확인되었다는 것이다.

검찰 공소장에 의하더라도 5만5,689건 중 절반 정도인 2만8,317건만 국정원 직원글로 확인됐으며 나머지 2만7,372건은 작성자 불명으로 남아 있어 수사결과 자체가 미완성 상태이고, 검찰이 국정원 트윗글로 확인했다고 하는 2만8,317건도 그 내용이 과연 선거법 위반에 해당하는지 여부는 법원의 확정판결이 있기 전까지는 그 누구도 함부로 얘기할 수 없는 사항이라고 국정원 측은 덧붙였다.

국정원 측은, 하루 240만 건이 생산되고, 4개월(9~12월)이면 2억8,800만건이 유통되는 트위터상에서 4개월간 2,233건으로 무슨 선거개입을 할 수 있겠느냐고도 했다.
검찰이 주장한 5만5,000여건은 전체 2억8,800만건 중 약 0.02%에 불과하며 이는 심리전단 요원이 70여명이라면 개인당 하루 평균 7건을 트윗, 리트윗한 것으로 大選(대선)에 영향을 미쳤다고 보기 어렵다는 것이다.

국정원은, 검찰이, 안보 관련 글을 정치편향적인 글로 무리하게 확대해석했다는 주장도 했다. 검찰이 범죄일람표에 제시한 트윗글에는 통진당의 북한 미사일 발사 두둔을 비판하기 위해 “北 미사일이 위성이면 문제삼을 일 아니다고 선동하다니 도대체 어느 나라 정당인지”라고 지적한 글이 있다고 한다. “과학자들 말에 의하면 북한 미사일과 나로호는 북한제나 러시아제냐 차이일 뿐 똑같다”는 주장을 비판하는 트윗글도 있다. 천안함 폭침에 대한 의혹제기에 대해 천안함 폭침 어뢰 프로펠러를 직접 건져올린 어선 선장이 “어뢰를 건져줘도 못믿겠다면 도대체 뭘 건져줘야 합니까” 라고 말한 것을 옮겨 적은 글도 범죄항목으로 올렸다. ‘NLL무력화 비판⇒문재인 후보 반대’, ‘안철수(사퇴이후) 테마주 폭락⇒안철수 후보 반대’, ‘北미사일 두둔 비판⇒이정희 후보 반대’ 식으로 무리하게 확대하여 해석했으며, 검찰이 선거개입글로 주장한 내용이 5만건에 달하는 것도 이런 확대 해석 때문이라고 한다.

누가 봐도 북한의 국가안전 보장 危害(위해) 및 체제전복 기도에 대응하기 위한 對共(대공), 방첩활동의 일환으로 이뤄진 글임을 알 수 있다는 것이다.